近年來， 農村能源發展已經走到了轉型升級的關鍵時期，現有的工作方式、 方法、 內容和思想認識也必須適應轉型升級的需要。為此， 農業部農業生態與資源保護總站開展調研， 并與全國大多數省（區、 市） 農村能源主管部門的主要負責同志進行了溝通和討論，總結出以下幾方面新時期農村能源建設的發展思路。
指導思想上堅持 “三個不能丟”
第一個不能丟 農業部門主導農村能源工作這一地位不能丟。農村能源發源于農業、根在農村，它不僅為農民生活和農業生產提供了清潔能源， 更為重要的是有效防治了農業面源污染，促進了生態農業的發展。但是， 近年來， 有些地方出現了本應由農業部門承擔的職能和工作逐漸被分解出去的傾向，脫離了發展農村能源事業的本意， 加之多年來農業部門只顧沼氣項目建設， 使得許多農村能源管理職能被削弱。因此，為了真正從“三農” 發展的需求出發， 充分體現農村能源的特色，農村能源工作必須牢牢抓在農業部門手中。
第二個不能丟 農村能源服務于農業和農村經濟發展這一宗旨不能丟。農村能源建設的最終目的是為農業和農村經濟發展服務。因此，農村能源建設應與各地農業和農村經濟發展重點緊密結合，與現代生態農業建設緊密結合， 與 “一控兩減三基本” 的目標任務緊密結合，與中央的“生態文明” 建設和節能減排戰略緊密結合，要始終堅持這一服務宗旨。
第三個不能丟 農村能源已有的建設成果不能丟。盡管在新形勢下，農村能源已逐步從小規模分散建設向集約化大規模方向轉變，但是，經過多年發展建成的大量戶用沼氣池、各類沼氣工程，推廣使用的省柴節煤灶炕、太陽灶、小風電等農村能源技術，形成的農村能源管理體系， 培養的農村能源技術隊伍等農村能源建設成果對于推動農業農村經濟發展、解決農業環境問題等方面做出了重要貢獻。我們應該鞏固好，并逐步擴大建設成果。
具體工作中實現 “七個強化”
強化一 農村能源在治理農業面源污染中的作用。要繼續發揮農村能源特別是農村沼氣在治理農業面源污染方面的突出作用，借助農村沼氣的轉型升級，更加集中高效地處理畜禽糞便和農作物秸稈等農業廢棄物。為 “一控兩減三基本” 的目標任務的實現做出更大貢獻。
強化二 農村能源在發展現代農業中的作用。要進一步突出農村能源在現代農業建設中的作用，充分發揮其作為種植業和養殖業的紐帶功能，推動生態農業的發展、農業節本增效，實現農業可持續發展。
強化三 農村能源產業化發展和市場化運作。農村能源的可持續發展必須走產業化發展和市場化運作道路，不能單純依靠政府財政補貼，而是通過補貼扶持成熟的沼氣、生物質固體成型燃料、省柴節煤爐灶等農村能源技術實現產業化發展，并最終實現市場化運作。
強化四 農村能源科技進步和創新能力。應支持有關科研單位和大專院校攻克關鍵技術等問題，引導農村能源生產企業開發高質量產品，提升農村能源技術水平和產品的市場競爭力。強化五 農村能源服務于新農村建設。要在以往服務新農村建設的基礎上，繼續加大農村能源開發力度，持續為農民提供清潔能源， 提高農民生活質量，優化農村環境，促進新農村建設。
強化六 農村能源因地制宜和多能互補的特點。要根據各地的農業資源特點和經濟發展實際，綜合開發農業生物質能、太陽能、風能、水能、地熱能等多種可再生能源，不宜一頭扎進沼氣池。要探索適宜的“沼氣、生物質固體成型燃料、 分布式太陽能發電、小風電、微水電、地熱利用技術” 中兩種甚至多種農村能源技術互補利用模式。
強化七 農村能源體系隊伍建設。要適應形勢發展需要，打破單一的工作方式， 著眼于行業的整體發展，從過去習慣性地陷在具體項目執行中脫身出來，站在更高的高度上，研究政策、引導創新、培育產業、制定標準、規范市場，真正當好行業的領導者和管理者。
