新建成或已大出料的沼氣池，經過檢驗確定不漏水不漏氣之后，即可向池內投入發酵原料，從投入原料和接種物起，到沼氣池能夠正常穩定的產氣燃燒為止，這個過程稱為沼氣發酵啟動。沼氣池正常產氣使用期間需要進行科學的運行管理，才能使沼氣池產氣不停，發揮更好的經濟、能源、生態、和社會效益。
1、沼氣發酵的啟動
沼氣發酵啟動是人工制取沼氣的關鍵環節，根據沼氣發酵原理，采用科學的發酵工藝，就能成功的獲取沼氣，甚至能做到當天投料隔日產氣著火的極佳效果。反之，會出現投料數日乃至數十日都不產氣或者雖然產氣但不能燃燒使用。因此，我們必須十分重視采取科學的方法做好沼氣發酵的啟動工作。
⑴投料準備：農戶在建池期間就要考慮好發酵原料和接種物的來源。農村中用于沼氣發酵的原料十分豐富，主要分為兩種類型：A.富碳原料 也就是通常我們所指的各種農作物秸稈、青雜草、樹葉、水生植物等。這類原料是由木質素、纖維素、半纖維素、果膠和蠟質等化合物組成，其產氣特點是分解速度慢，產氣周期長。采用這些原料時要進行預漚處理，其方法是：入池前必須將原料處理至3—5cm長，用2%的石灰水澄清液和1%（與秸稈重量比，后同）左右的糞水（最好是老沼氣池發酵液）拌勻，直到原料吸足水分。高溫季節堆漚2—3天，低溫季節5—7天，秸稈已變松軟、顏色成咖啡色，即可投料。堆漚時間不宜過長，以免造成原料養分損失過大。原料的預處理可在池內或池外堆漚，有條件的最好在池內進行，池內堆漚的好處一是防止養分流失，二是可利用好氧發酵產生的溫度增加池溫。采用池外堆漚的原料堆好后要用塑料薄膜覆蓋。B.富氮原料 就是通常我們所指的人畜禽糞便等。此類原料顆粒較細，易分解，不必進行預處理，可直接投入池內。原料特點是發酵周期較短，產氣速度快。
⑵接種物：在農村接種物來源很廣，城鎮下水道、池塘底部懸浮淤泥、糞池底部沉渣、屠宰場、食品加工廠下水道淤泥、正常使用的沼氣發酵液或池底部沉渣層均含有豐富的沼氣發酵微生物，都可以作為沼氣啟動時的接種物。
⑶啟動時發酵條件的控制：沼氣發酵能否一次啟動成功與控制發酵工藝條件密切相關，在投料時要掌握好以下幾點：
①濃度：啟動時沼氣發酵液濃度不宜過高，以免產酸過多引起料液酸化，使甲烷菌酸中毒。造成沼氣池不產氣或產氣雖多但不能點火。要改變投料越多產氣越足的做法。以新鮮堆積豬糞為原料時，8立方米沼氣池投入量約1.5噸左右為宜，待正常產氣使用20天后再添加新料。
②接種：沼氣發酵是由多種微生物共同作用完成的，所以在沼氣發酵啟動時，一定要添加含有大量沼氣發酵微生物的接種物，才能保證沼氣池的啟動完成。采用不同的接種物所需要的接種量是不一樣的。采用下水道淤泥或正常產氣的沼氣池底層沉渣作接種物時，接種量一般為總發酵料液的10—15%；采用正常產氣的沼氣池發酵液作接種物時，接種量應占總發酵料液的30%以上。在沼氣發酵啟動時，如果接種物數量不足，可采用擴大培養的方法加以增殖，其方法是先將占池容三分之一或二分之一的發酵原料與所需比例菌種投入池內，經過數天培養，觀察料液中不斷有氣泡冒出時，再將原料和水投至沼氣池容積的85％。如果豬糞、雞糞已經含有少量水在糞池里漚制20天以上的，可以不接種直接投入池內。
③酸堿度：沼氣發酵啟動時，酸堿度應控制在中性偏微堿范圍，即PH值在6.8—7.5之間為宜。PH值越低料液酸性越大，反之堿性越大。PH值可用廣泛試紙檢測，發生偏酸時可用石灰水澄清液調節。與豬圈相連通的“三結合”沼氣池，在投料啟動期間應停止向池內投放新鮮豬糞，必須待沼氣池產氣著火正常后再將豬糞投進沼氣池，否則會造成酸積累，使沼氣池產氣后又停止產氣或產氣一直不著火。正常產氣使用的沼氣池，如果一次投入較多的新鮮青綠植物，同樣會發生上述現象。
④投料量及容積控制：沼氣池投料前，用沼液接種，可將30%的沼液先投入池內，再將所需原料加入。用各種懸浮淤泥或沼氣池底部沉渣接種，應先將10%懸浮淤泥或沉渣投入池內,再加水（不要用自來水，下同）至池底以上30厘米，以便將菌種稀釋均勻，用工具攪拌均勻后，將發酵原料加至距沼氣池活動口40厘米處,待產氣后從水壓間取出部分料液。這樣有利縮小儲氣間，壓縮池內空氣，提高甲烷含量，縮短產氣著火時間。
⑤控制有害物質入池：農藥、各種殺菌劑、消毒劑對沼氣發酵來說都屬于有毒物質。沼氣發酵啟動中，禁用將噴灑過農藥和各種殺菌劑、消毒劑的原料投入沼氣池內，以免造成啟動失敗。一旦發現投入有毒物質出現啟動失敗時，必須出清全部料液，用清水沖洗沼氣池內壁，并吸干池內沖洗水，重新啟動。
⑥放氣試火：啟動完成前，由于池內含有一定量的空氣，加之發酵啟動初期沼氣中甲烷含量不高，所產沼氣可能不著火或脫火，此時應將池中的氣體排空，待產氣形成氣壓后再進行試火，如果仍不能點燃，還需排空，直至所產沼氣能在爐面穩定燃燒。
2、沼氣發酵的運行管理
沼氣發酵啟動完成之后，即進入正常運行。加強沼氣池運行管理，才能達到產氣不停，常年使用，充分發揮沼氣池效益的目的。沼氣池運行管理，主要應做好以下六方面工作：
⑴補料：家用沼氣池采用半連續或連續方式補料，以維持沼氣池的均衡產氣。正常運行的沼氣池具有相當高的消化能力，隨著原料的消耗，產氣量會逐漸下降。因此，啟動后20天，不是三結合的沼氣池就應補充占總料量5%的新鮮原料，同時抽出相應數量的老料，以后每間隔10天進行一次，這是運行管理的重點。
⑵溫度：常溫發酵沼氣池，溫度在10—40℃范圍內都會有沼氣產生，在此溫度范圍內溫度越高產氣量也越大。因此入冬前必須適當增加投料量，采取原料入池前預漚、池體保溫、增溫等措施提高池溫。
⑶杜絕毒害物質：沼氣池正常運行過程中，同樣應嚴禁將噴灑過農藥的農作物秸稈和畜禽舍防疫消毒沖洗水、洗衣水投入池內，以免毒害和抑制沼氣微生物生長繁殖。
⑷大出料：為了使沼氣池正常產氣和滿足農業生產用肥的需要，一般家用沼氣池每2—3年需大出料1次，時間安排在春、秋收種季節進行為宜，大出料前20—30天應停止加料。每次大出料不要將沼氣池內料液全部出清，應留10%底層淤泥作為投料時的接種物，以減少接種用工，加快啟動。深秋時節大換料要選擇晴好天氣，氣溫較高時進行，不要加入溫度過低的原料和水。
⑸攪拌：正常產氣的沼氣池內發酵液通常自然分為四層：從上到下分別為浮渣層、上清液層、活性層和沉渣層。在厭氧發酵過程中經常攪拌可以使微生物與發酵原料充分接觸，打破分層現象，提高產氣量。家用沼氣池一般可采用機械和液流（從出料口提出十幾桶再從進料口沖入）的方法攪拌，可不定期進行。
⑹安全運行
① 防火：1）沼氣池在啟動過程中，試火應在爐具上進行，嚴禁在導氣管口試火，以防發生火災或回火爆炸。2）嚴禁帶明火開啟正常產氣的沼氣池活動蓋，嚴禁在活動口邊吸煙或向池內試火。3）要經常檢查燈、爐具、管道、管件是否漏氣，發現漏氣及時處理。特別是冬季在門窗關閉的情況下發現漏氣或室內有嗅鴨蛋味時不要明火，應先切斷氣源，打開門窗通風，查找和處理好漏氣處。4）人工點火的燈爐具要先明火，后打開氣閥，防止沼氣擴散較多而突然產生較大火苗燒傷操作人員。5）燈爐具應遠離易燃易爆物品。
② 防中毒：沼氣池維修時，要把所有蓋口打開，出清料液，使進料口、活動口、出料口“三口”空氣流通1—2天后，方可操作。大出料時，要用機械或工具在池外操作，人員不得下池。
③ 防工傷：在沼氣池啟動和運行、檢修、大出料等操作過程中應及時蓋好進出料口、活動口安全蓋防止人畜掉入池內。
④ 防燒壞脫硫器：正常使用的沼氣池，從出料間出料不要讓壓力表形成負壓，以免空氣進入脫硫器與脫硫劑發生還原反應，產生大量熱，燒壞脫硫器。
