畜禽糞污是與工業廢水、生活垃圾并列的三大環境污染物之一，在農業污染中處于“壓倒性”位置，是中央環保督查組問責地方政府的重大事項之一。
截止2015年底，孝感市規模養殖場6253家，豬牛飼養量723.8萬頭、家禽21978萬只，年糞污排放882萬噸，折算46萬噸COD、氨氮2.7萬噸、總磷3萬噸、總氮5.2萬噸、總固體8.3萬噸。
糞便的污染物質為氮磷鉀和有機物，污染對象是空氣、衛生、健康、耕地、重金屬、地表水、地下水，污染表現為惡臭氣味、疾病傳播、富營養化、重金屬污染。因此，許多地方一度出現人不能住、水不能喝、田不能種、魚不能養的現象。同時，種植業生產卻缺乏有機肥料，高度依賴化學肥料提供氮磷鉀元素，進一步加劇農業污染、危害農產品質量安全。
近年來，市縣兩級政府和相關職能部門高度重視，明確組織、監管機制，施以政策措施，通過市場方式倒逼污染治理，到2015年底督促建成治污設施5940處，占總數95%，其中：“干糞堆肥＋污水沉淀”模式5365處、占總數90.3%，“糞污＋沼氣＋肥料”生態利用模式563處、占總數9.5%，工業處理環保達標模式12處。
但是，由于種植養殖分離與布局不合理、治污技術不成熟、資金缺乏等原因，治污效果欠佳，污染事件時有發生并被通報問責。
傳統的畜牧與種植生產方式，嚴重破壞生產、生活和生態的協調發展。生態畜牧、循環農業和綠色種植，是實施農業綠色發展、建設農業生態文明的必由之路。
“三區”劃定，布局紅線。畜禽禁養區、限養區和適養區的劃定，是地方政府向社會公開的事項。禁養區禁止規模養殖；限養區不許新建、擴建規模養殖，但要達標排放；適養區可以養殖，必須建設治污設施，落實消納面積。
“三化”原則，基本思路?！皽p量化、資源化、無害化”是基本思路。優化飼料配方、結構，改革飼喂方式，提高飼料消化率和吸收率，減少固體糞便產生量；優選干清糞工藝，棄用水沖糞和水泡糞，固液分治、雨污分流、飲排分離，減少污水數量。采取堆肥、沼氣發酵等工藝，生產肥料、回收能源，同時處理氮磷鉀和有機物污染。
堆肥處理，權宜之計。豬糞堆制造肥，是傳統制肥方法。投資小、簡便易行，容易接受，但是占地面積大、不能回收能源。孝感市治污設施以堆肥為主，占設施總量95％。
沼氣發酵，最佳選擇。沼氣和沼肥作為糞便的處理方向，由中央主要領導拍板決定。與堆肥相比，肥料元素損失少、有效性高，同時回收沼氣能源、占地面積小、沒有二次污染。每10頭豬配備1?沼氣發酵容積。不提倡工業化處理，消耗電能多、占地面積大、二次污染更難處理。由于項目資金有限，孝感市平均每年僅能新建100?小型沼氣工程70處、500?以上大型工程1處。
種養融合，替代化肥。養殖、種植同時布局，提前謀劃糞污消納利用。按照每頭豬0.2畝大田或0.1畝果蔬茶的比例配套種植面積，建立“養殖—沼氣—種植”循環農業模式，糧油大宗作物主要用作底肥，果蔬茶用作基肥和追肥、全程替代化肥。無配套種植，采取干糞單獨加工出售、污水沼氣發酵工藝，建立“養殖—沼氣—氧化塘”模式，實行環保達標排放。
機械操作，自動管理。機械操作收集干糞，糞便污水分離處理；專用設備堆集糞便制肥、調配沼氣進料；車輛運肥、施肥。提高自動化水平，減輕勞動強度，改善工作環境條件，提高治理效率。
規范投料，高效長久。保證沼氣工程高效長久運行，一要規范投料濃度，豬糞牛糞按照糞水比1∶2、雞糞1∶14的重量比例配制原料，二要規范投料數量，日投料重量占發酵容積的4％。
污染治理，勿忘安全。社會各界高度重視糞污治理，各種治污工藝應運而生，安全生產是重中之重。黑膜沼氣池采用塑料膜制造，造價低、密封性能好、處理能力強，但是占地面積大、易撕裂，暴風可摧、雷電易爆，周邊縣市2016年曾發生慘痛事故。大型化糞池造價低、簡便易行，但是存在爆燃和墜入風險，向大氣層直排沼氣更是“生態殺招”。黑膜沼氣與化糞池尚無國家和地方標準，但在孝感有一定規模。農業部推行鋼砼沼氣工程，鋼結構混凝土現澆，質監與農業部門制定系列GB、NYT和DB技術標準，對工藝技術、供氣設計、施工驗收、運行管理、質量評價和安全使用等六個方面，進行嚴格規范，技術含量高、安全可靠、資源轉化效率高。
